O que vale mais a pena, participar de uma subscrição (de um fii que você não quer aumentar a posição) e depois vender a mercado, ou vender os direitos de subscrição?

Depende. Tem que fazer conta. Há momentos em que arbitrar na cota é mais vantajoso. Em outros casos, vender o direito e já garantir o lucro. Por isto que sempre falo que a estratégia de arbitragem é refinada e envolve riscos implícitos de difícil mensuração.