Boa tarde,
Não há nenhum problema com isso, basta ponderar se é a melhor escolha para você.
Hoje, a maioria das corretoras já tornaram gratuito todo o processo relacionado a ações e FIIs (corretagens, custodia), portanto, uma única corretora tende a te atender para ambos os produtos. Os fatores de decisão começam a ir para pontos mais subjetivos: atendimento eficiente, plataforma amigável, variedade de outros produtos, etc.
Ao ter duas corretoras, você tem mais trabalho para gerenciá-las (declarações de IR, acompanhar se seus proventos estão caindo corretamente, subscrições, etc). Outro ponto detrator, é que você receberá seus dividendos em um lugar e seus proventos (FIIs) em outro. Logo, o processo de aportes mensais será mais trabalhoso também, já que você deverá dividir seu patrimônio.
Não há problema em ter mais de uma, somente mais trabalho.
Eu mesmo já tive 3 há alguns anos (uma tinha ações grátis, a outra tinha FIIs grátis e a outra tinha produtos de renda fixa mais interessantes). Com o passar do tempo, fiz transferência de custódia para apenas uma e ficou muito melhor para mim.
Abraço