Há alguma desvantagem, em termos de taxa ou outros, em comprar no mercado fracionário?

Nao vejo desvantagem alguma. Talves um pouco de menos liquidez, mas nada que afete a qualidade do investimento

Uma das maiores desvantagens ao meu ver são os spreads e a baixa liquidez, que podem acabar prejudicando a entrada ou saída do investidor de um ativo específico.

Porém, tendo um pouco de paciência, é possível lidar bem com essas questões. Uma dica que dou é que você posicione a sua ordem um pouco abaixo do mercado, ou em linha com a cotação do mercado padrão, e deixe ela lá. Dificilmente não vai executar.

Pode ser desvantagem para você caso pague taxa de corretagem

se usar corretora que não cobra taxa de corretagem, não tem problema algum.

Como os colegas já responderam, não há desvantagem. Mas é bom estar atento à taxa de corretagem, pois, caso existam, pode ser uma desvantagem na minha opinião.