Em um FII CRI, conforme as parcelas dos empréstimos vão sendo pagos e juntamente os dividendos, o patrimônio do fundo vai diminuindo, correto? Se sim, os valores das cotas não deveriam diminuir proporcionalmente?

O valor da cota em nada tem a ver com a gestão do FII. O valor da cota e de acordo com oferta/demanda, ou seja, se existir mais pessoas querendo comprar o valor da cota  será maior , caso contrário menor o valor. Referente aos FII de papeis o que é distribuído aos cotistas  são os rendimentos, o valor principal e reinvestido de acordo com a estratégia da gestão do fundo.