Cvarcego, o EV é o valor de mercado da empresa somado a divida liquida, enquanto o Valuation por FCD você usa premissas e matemática para chegar a um valor futuro da empresa.
Ambos tem seus pontos negativos, no caso do EV caso a divida liquida da empresa for muito alta – logicamente – o valor da empresa ficará maior, e você tem que tomar cuidado para não confundir isso com o valor intrínseco da mesma. Já no Valuation por FCD você tem que tentar usar premissa que se concretizem no futuro para chegar ao valor correto, e a matemática não é racional – ela fará exatamente o que você pedir para ela fazer – não leva em consideração as pessoas que trabalham e estão a frente da empresa, e também não considera a opinião do cliente, por isso você deve tomar bastante cuidado ao usar o método de FCD, ele pode servir para te dar um norte – principalmente se você estiver iniciando – mas os melhores valuation costumam ser feitos de cabeça e olhando alguns pontos da empresa.
Espero ter ajudado. Sucesso nos investimentos!