Qual a diferença entre investir através de uma corretora independente e investir através do banco?

Na teoria não muita coisa. O procedimento é o mesmo: você coloca uma ordem e talvez ela seja executada e você vai fazer um negócio.

Na prática, as taxas praticadas pelo bancos são maiores.

As corretoras independentes tem uma tendência a oferecerem produtos de menores taxas e também taxas de corretagem menores que os bancos.