Qual a diferença entre fazer valuation por balanço e por múltiplos?

Por balanço voce diz por fluxo de caixa descontado?

Se sim, a diferença é que são dois métodos diferentes de avaliar e que geralmente se complementam e auxiliam na análise.

Geralmente a analise por multiplos é mais simples enquanto a por FCD é bem mais complexa.

Enquanto por multiplos você vai utilizar métricas como P/L, DY, EV/Ebitda para avaliar a empresa, no metodo do FCD você vai utilizar premissas para projetar os fluxos de caixa futuro da empresa e então vai trazer esses fluxos a valor presente através de uma taxa de desconto. Em um resumo bem simples seria isso.