Quais as principais diferenças nas análises de balanço patrimonial e DRE entre small caps e outras empresas maiores (mid caps, large caps)?

Nenhuma em especial, pois a diferença entre empresas por este critério é  apenas a capitalização de mercado, que é um dado não contábil.

Dito isso, algumas small caps possuem um disclosure menor, então é preciso empreender mais esforços para compreender o negócio em questão.