Para abater os prejuizos você deve soma-los, descontar de um futuro lucro e então gerar o darf em cima do valor final.
Por exemplo, digamos que em janeiro você vendeu ações e teve um prejuizo de mil reais. Em fevereiro novamente um prejuizo de mil reais. Nada acontece durante meses até que em novembro você vende novamente, porém agora com um lucro de cinco mil reais (considerando que vendeu mais de 20 mil).
Nesse caso, ao invés de pagar o imposto em cima dos cinco mil, você deve descontar os dois mil de prejuizo que teve antes, pagando imposto em cima de três mil reais apenas. Gerando então um DARF no valor de R$ 450,00 (15% de 3000).