Acho que não dá pra generalizar. Uma desvantagem não tem a salvaguarda de último recurso, chamado Bail out. Itaú não pode quebrar, mas banco neon sim. Petrobrás não, prio sim.
Outra dificuldade que eu vejo é na questão tributária. Empresas de maior porte tem mais escala para comportar um departamento que cuide de todos os impostos e tem mais poder de barganha para defender seus interesses junto ao Governo.
A principal causa das empresas quebrarem é gestão, então não tem muito a ver com tamanho.