Este é um assunto muito extenso. Varia de setor para setor. E de empresa para empresa no mesmo setor, em alguns casos raros. Vou pincelar…
Existem indicadores financeiros e de mercado. Os financeiros são termômetros rudimentares para avaliar aspectos diferentes do negócio: ROE / ROIC, Margens (bruta,ebitda,líquida), Dívida líquida/ EBITDA, Liquidez corrente (tem a seca e imediata também), Dívida/ PL, índice de cobertura de juros, indicadores de inadimplência, índice de basileia (para bancos), distratos e VSO (incorporadoras), Índice combinado e combinado amplo (seguradoras), Indisponibilidade (transmissoras de energia), despacho (geradoras elétricas).
Não dá pra prender um prego com um serrote e nem cortar madeira com um martelo.
Tem que saber utilizar os indicadores corretos para cada empresa e com os devidos ajustes contábeis se for o caso. É necessário usar a cabeça e entender bastante da referida empresa que você está olhando.
Depois tem os indicadores de mercado (P/L, P/VPA, EV/EBITDA, e por aí vai). De novo se aplica a teoria do serrote e do martelo.
É uma resposta genérica, mas não acredito em receitas de bolo para investir em ações.