No meu entendimento, todos os bens são arrolados em inventário pelo seu custo declarado no IR do titular, e não pelo valor de marcado.
Com ações e outros ativos financeiros, acredito que vale a mesma regra.
Sobre o montante dos bens, poderá (dependendo das faixas de isenção) incidir o ITCMD (Imposto de Transmissão Causa Mortis e Doações), que precisará ser recolhido para finalizar o processo de inventário.
Ao final do processo o Formal de Partilha vai documentar quais herdeiros tem direito a quais bens, e no caso de ações, esse herdeiro terá o direito legal de solicitar a transferência de custódia entre titulares, para seu próprio CPF, recebendo os bens pelo seu valor de custo.
Disclaimer: não sou advogado nem atuo na área, mas precisei estudar um pouco o tema.